إن الدور المتاعظم لمنظمات المجتمع المدني في جميع المجالات جعل المركز القومي للمعلومات أن يفرد لها مساحة مقدرة في العمل المعلوماتي بالسودان من خلال توفير الدعم والرعاية والمشاركة الفاعلة في أنشطتها وبرامجها إدراكاً بأهمية هذا الدور من خلال التعاون وبناء الشراكات الإستراتيجية مع منظمات المجتمع المدني ولقد ساهمت هذه المنظمات مساهمة فعالة في نشر ثقافة المعلومات ومحو الأمية الحاسوبية للمواطنين والعاملين بالدولة و غير ذلك من البرامج والمشروعات التي نفذتها ومن أهم هذه المنظمات:

منظمة القضارف الرقمية.

الجمعية السودانية لتقانة المعلومات.

جمعية الإنترنت السودانية.

الجمعية السودانية للمرأة في تقانة المعلومات والإتصالات